Zónace Chráněné krajinné oblasti Šumava

Zónace Chráněné krajinné oblasti Šumava rozděluje na základě Zákona o ochraně přírody a krajiny č. 114/1992 Sb., v platném znění, území CHKO Šumava do čtyřech zón (prováděcí vyhláška MŽP č.422/2001 Sb.)
I.zóna představuje pozemky a lesní porosty, které jsou součástí tzv. maloplošných zvláště chráněných území, které lze označit za přírodní či za přírodě blízké. Rovněž jsou zde zahrnuty biotopy s vysokou druhovou rozmanitostí a trvalým výskytem kriticky a silně ohrožených rostlinných druhů a významných živočišných druhů
9,8% plochy CHKO

II. zóna zahrnuje pozemky rozmanité polopřírodní a polokulturní krajiny. Z velké části jde o pozemky dlouhodobě hospodářsky přeměňované, nicméně technologie využívání přírodních zdrojů nebo jejich užívání v posledních cca 50 až 100 letech směřovaly k vytvoření druhově a strukturálně rozmanitých biotopů. Jsou zde rovněž zahrnuty pozemky a lesní porosty, které splňují kritéria zařazení do I. zón, jejich rozloha je buď příliš malá (méně než 3 ha), nebo je jejich přesné vymezení nemožné (mozaikovitě rozmístěné části větších pozemků), nebo nebyl nalezen konsensus s vlastníkem či správcem uvedených pozemků k zařazení do I. zóny.
39,8% plochy CHKO

III.zóna představuje území určená nebo užívaná pro neomezované tradiční hospodářské aktivity. Je zde možná intenzivní zemědělská i lesnická výroba, druhová i strukturální rozmanitost je nízká. Rovněž jsou zde zahrnuta území sice přírodně velmi hodnotná (splňující kritéria pro zařazení do II. zóny), ovšem s jiným režimem, který překrývá zájem ochrany přírody (lesy vojenského újezdu, rozsáhlé obory, velké vodní nádrže apod.), nebo území, pro která nebyl nalezen konsensus s vlastníkem či správcem uvedených pozemků k zařazení do II. zóny.
44,2% plochy CHKO

IV.zóna je prostorem zastavěným a k zastavění určeným, a to buď platným či rozpracovaným územním plánem k roku 2003. Součástí této zóny jsou i velké skládky či radikálně pozměněná stanoviště, dále bezlesé plochy vojenského újezdu Boletice (jinak velmi přírodně hodnotné ekosystémy).
6,2% rozlohy CHKO